Det är ofta ett visst område av proteinet som utövar proteinets aktivitet. Man talar om proteinets aktiva yta, eller dess aktiva centrum. Den aktiva ytan ligger ofta inbäddad en bit in i proteinet.
Till den aktiva ytan kan substrat binda. Peptidkedjan och sidokedjorna på aminosyrorna i den aktiva ytan, formar en liten ”ficka” i vilken substratet
passar. Substrat och aktiv yta passar ungefär som nyckeln i ett lås. När substratet bundit, underlättar proteinet den kemiska reaktion som ska ske.
Animering, som schematiskt visar ett substrat som binds till enzymet,
substratet klyvs och bildar produkter.
Vissa proteiner har även någon annan mindre molekyl eller atom bunden till sig. En sådan bunden atom eller molekyl, som krävs för att proteinet skall vara aktivt, kallas prostetisk grupp. Hemoglobin har en liten kväverik molekyl, en hemgrupp och en järnatom bunden.